Lengyel emigráns családból származik. Apja, David Hillel Bernstein doktor, anyja, Sarah Gordon Bernstein író és szerkesztő volt. Születési neve Eric Lennard Bernstein. 11 éves volt, mikor apja meghalt tuberkulózisban. Anyja biztatta, hogy apja után ő is orvostudományt tanuljon. Matematikát és fizikát tanul a McGill Egyetemen és 1931-ben diplomát szerzett. Ezután tovább tanult a McGill egyetemen, és 1935-ben orvosi diplomát szerzett. Később az Amerikai Egyesült Államokba költözött – segédorvosként helyezkedett el New Jersey-ben, az Englewood Kórházban. 1936-ban egy pszichiátriai szakosító tanfolyamot végzett a Yale Egyetem Pszichiátriai Klinikáján, ahol két évig dolgozott. 1939-ben megkapja az amerikai állampolgárságot, és 1943-ban lerövidíti a nevét Eric Lennard Bernsteinről Eric Berne-re. Első beosztása klinikai asszisztens az Mt. Zion Kórház pszichiátriáján New York City-ben, ahol egészen 1943-ig dolgozik, amikor belép a hadsereg orvosi alakulatába. 1940-ben magánpraxist nyit Norwalk-ban, Connecticut-ban. Itt találkozik Elinor McRae-vel, akit 1942-ben feleségül is vesz, két közös gyermekük születik. 1941-ben pszichoanalitikusként kezd praktizálni a New York-i Pszichoanalitikai Intézetben.
A hadsereg pszichiáterei felszólítására Dr. Berne a II. világháborúban az AUS orvosi alakulatnál szolgál, és rangja hadnagyból őrnaggyá emelkedik. A háború utolsó két évében a Bushell General Kórház pszichiátriai osztályán csoportterápiával foglalkozik. Amikor 1945-ben leszerel, elválik feleségétől, és Kaliforniába, Carmel-be költözik. 1947-ben jelenik meg első könyve a pszichoanalízisről „The Mind in Action” címmel New Yorkban. Ugyanebben az évben folytatta pszicho analitikai tanulmányait a San Franciscó-i Pszicho analitikai Intézetben. Ekkoriban ismerkedik meg a fiatal, elvált Dorothy de Mass Way-jel, akit feleségül vesz 1949-ben. Két közös fiuk született.
A tranzakció-analízis kezdetének legjelentősebb lépéseit valószínűleg az általa 1949 elején írt első öt cikk tartalmazta. Már ekkor a pszichoanalitikusak helyzetének javításán dolgozott, szembe mert szállni a freudi koncepcióval. 1950-ben kinevezik az Mt. Zion Kórház pszichiátriai asszisztensének San Franciscóban, és ezzel egy időben megkezdi szolgálatát az amerikai hadsereg egészségügyi alakulatainak főparancsnokaként. 1951-ben mellékállást vállal adjunktusként és megfigyelő pszichiáterként a Veteránok Intézetében és Mentál Higiéniás Klinikán, San Franciscóban. A hatvanas évek első felében megjelent könyvei, a Transactional Analysis in Psychotherapy (1961), a The Structures and Dynamics of Organizations and Groups (1963), valamint a Games People Play (Emberi játszmák) (1964) a tranzakció-analízis jelentős műveivé váltak. 1964-ben elválik második feleségétől. Ugyanebben az évben Berne és San Franciscó-i, valamint monterey-i szemináriumi kollégái elhatározzák, hogy létrehozzák a Tranzakció Analízis Társaságot.
1967-ben vette el harmadik feleségét, Torre Rosecrans-ot. 1970 elején elvált harmadik feleségétől is. 1970 júniusában szívinfarktust kapott. Szívinfarktusa előtt néhány héttel, május 10-én, a 60. születésnapján még azt mesélte a barátainak, hogy milyen jól érzi magát. 1970. június 26-án ismét szívinfarktust kapott, és kórházba került. Néhány héttel később, július 15-én egy újabb infarktus következtében meghalt. Pacific Grove-ban, Kaliforniában, az El Camelo Temetőben helyezték végső nyugalomra. Berne a halála előtti időszakban két könyvén dolgozott. Az egyiket 1970-ben adták ki Sex in Human Loving, a másikat 1972-ben What Do You Say After You Say Hello? címmel.
Alapmű, mindenkinek olvasnia kellene, aki a kapcsolatai javításán/megértésén dolgozik.